Den Arend is een zogenaamde stelling-korenmolen en de laatst overgebleven originele korenmolen in de Krimpenerwaard (èn Lopikerwaard). Bijzonder aan de molen is dat bij de bouw in 1869 zoveel als mogelijk onderdelen van de voorganger, een zogenaamde wip-korenmolen uit 1553, hergebruikt zijn. Wie er oog voor heeft ontdekt diverse tweedehands balken in de molen, zelfs het complete houten tandwielmechanisme stamt nog uit de oude wip-korenmolen. Schattingen over de ouderdom van deze onderdelen lopen uiteen van 17e eeuws tot misschien zelfs 16e eeuws. De timmerlieden, de broers Jan Anthonie en Johannes Adrianus van der Straaten en de metselaar Hendrik van den Oever kregen de bouwopdracht. De fundering kwam te rusten op 66 heipalen van ruim 14 meter lang, aan elkaar gehecht met dubbele kruigen of kloosterhouten.
De molen is 20 meter hoog. De stelling bevindt zich zo´n 8 meter boven de grond. De wieken hebben een spanwijdte van meer dan 20 meter.
In de molen werden vijf hele- en twee halve zolders aangebracht met nog een zolder in de kap. Er waren twee maalzolders, met in totaal vier koppels maalstenen, waarop verschillende granen gemalen konden worden.
De eerste molenaar van Den Arend was Jan Spruytenburg. Hij was tevens eigenaar geweest van de wipkorenmolen, die tot 1869 op ongeveer dezelfde plaats stond. Toen hij in 1882 overleed, werd zijn bedrijf voortgezet door zijn drie zonen, van wie Jan Cornelis in 1889 als enige op de molen bleef. Vijf jaar later verkocht hij de molen aan Boudewijn Breedveld. Deze exploiteerde de molen tot het eind van de jaren dertig van de Twintigste Eeuw. Tijdens de Tweede Wereldoorlog (on 1941) werd de molen verkocht aan de Rotterdamsche Hypotheekbank NV. De volgende eigenaar werd in 1944 kandidaat-notaris Toose uit Dordrecht. Alleen aan het eind van de oorlog werd de molen nog enkele malen gebruikt, hoewel de toestand van de molen toen erg slecht was. In 1947 wisselde de eigendom opnieuw: koper was G.J. van den Hoven.
Tot eind jaren 30 bleef de molen commercieel in bedrijf, hoewel er tijdens de Tweede Wereldoorlog nog wel het nodige (clandestien) gemalen is. Hierna kwam de molen naar het leek definitief buiten gebruik en trad een periode van verval in. Drie van de vijf koppel maalstenen waren reeds uitgebroken toen de molen in 1954 door de gemeente Bergambacht werd aangekocht. De drie jaar daarna vond een restauratie plaats en was er weer sprake van een draaivaardige molen. Na een tweede restauratie in 1980 werd Molen Den Arend zelfs weer maalvaardig..
Hoewel de gemeente de molen in 1993 verkocht aan de particuliere onderneming, bleef hij gelukkig steeds redelijk goed onderhouden. Sinds 2003 wordt zelfs weer op bescheiden schaal consumptiegraan gemalen door een beroepsmolenaar uit het nabijgelegen Gouda.
In 2007-2008 vond een uitwendige restauratie plaats en thans (2014) is het inwendige aan een opknapbeurt toe. Hiervoor wordt geijverd door de eind 2013 opgerichte Stichting Molen Den Arend Bergambacht die de molen in december van dat jaar in eigendom verwierf. Sinds 2014 beschikt Molen Den Arend ook over een Molenwinkeltje en wordt zij ingezet als trouwlocatie.